普通に作成を進めるとカスタムAMIの時に適用されているキーペアが有効となっているため、新しいキーペアを作成して指定してもうまく適用されない。
そのため先ずはダミーとなるインスタンスを作成し、そのインスタンスに対して新しいキーペアを適用する。
そしてダミーインスタンス内の~/.ssh/authorized_keysの内容を新しく作成したインスタンスのauthorized_keysに適用する。
これで新しいキーペアでのssh通信が可能になる。
※authorized_keysに間違った内容を記述するとその時点でssh通信出来なくなるため、事前にテスト用のインスタンスで動作を試すこと。